A vigilância epidemiológica é exclusivamente voltada para o monitoramento de surtos de doenças infecciosas, enquanto a vigilância sanitária concentra-se na qualidade dos alimentos.

A vigilância sanitária visa apenas fiscalizar as condições higiênicas dos estabelecimentos de saúde, enquanto a vigilância epidemiológica abrange a coleta e análise de dados para prevenir doenças.

A vigilância sanitária tem como objetivo diminuir ou prevenir riscos à saúde, e a vigilância epidemiológica atua na detecção e prevenção de doenças e agravos à saúde e seus fatores de risco.

A vigilância epidemiológica está restrita ao monitoramento de epidemias, enquanto a vigilância sanitária concentra-se na segurança de produtos farmacêuticos.