A auditoria externa é de competência exclusiva de contador registrado no Conselho Federal de Contabilidade, enquanto a auditoria interna pode ser realizada por um funcionário qualificado que receba treinamento adequado para tal fim.

O grau de autonomia do auditor interno é maior que o do auditor externo independente, em virtude de se reportar diretamente à controladoria da entidade.

O auditor externo executa as auditorias operacional e contábil e o auditor interno, apenas a contábil.

O auditor externo é responsável pelo exame e avaliação do controle interno da entidade, cabendo ao auditor interno apenas implementar as modificações julgadas necessárias pelo auditor externo para o seu correto funcionamento.

Regra geral, os relatórios do auditor interno são de uso exclusivo da administração da entidade, enquanto os elaborados pelo auditor independente são destinados também aos usuários externos da informação contábil.