Se, em um processo administrativo interno, for constatado que houve má utilização de verbas de adiantamento por servidor público, pode o sistema de controle interno, garantidos a ampla defesa e o contraditório, aplicar multa proporcional ao dano causado ao Erário. 

O controle interno estabelecido no poder judiciário federal deve apoiar a atuação do controle externo exercido pelo Tribunal de Contas da União.

O sistema de controle interno deve acompanhar as metas alcançadas dos programas do Poder Legislativo previstos na Lei Orçamentária Anual, fornecendo insumos ao gestor público em tempo suficiente para corrigir eventuais desvios apurados.

Está dentro da competência do sistema de controle interno executar medidas de controle sobre os créditos de dívida ativa do executivo federal.

Caso algum ente público repasse recursos públicos para entidades privadas, o escopo de atuação do sistema de controle interno deve comprovar a legalidade da utilização dessas verbas.