No plano federal, a área de vigilância sanitária passa por grande reorganização institucional em 1960, quando foi criada a secretaria específica no Ministério da Saúde, com a concepção de controle sanitário no setor saúde, com foco no controle de epidemias.

No início dos anos 90, o componente internacional foi reformulado com a substituição de uma secretaria da administração direta para uma autarquia especial como agência regulatória, a Agência Nacional de Vigilância Sanitária.

Há uma relação de subordinação entre os entes federativos e compartilhamento de competências entre as instâncias, sob a ótica da solidariedade e da responsabilidade. 

Está sob a responsabilidade da Anvisa a regulamentação e a coordenação do Sistema Nacional de Vigilância Sanitária, bem como, a execução de ações de controle. Vinculada ao Ministério da Saúde, a Agência é regida por um Contrato de Gestão.