O arquivamento do inquérito administrativo se dará quando for comprovada a autoria ou quando o fato apurado não caracterizar infração administrativa. 

Como medida cautelar e a fim de que o servidor não venha a influir na apuração da irregularidade, a autoridade instauradora do processo disciplinar poderá determinar o seu afastamento do exercício do cargo, pelo prazo de até 30 (trinta) dias, sem prejuízo da remuneração.

Na instrução do inquérito administrativo a comissão poderá colher as provas necessárias para a apuração dos fatos, ouvindo testemunhas e fazendo acareações, excetuadas as requisições de documentos.

A comissão de inquérito terá o prazo de 60 (sessenta) dias, contados da publicação do ato de sua criação para apresentar relatório conclusivo quanto à autoria dos fatos, sendo-lhe vedado apresentar conclusão sobre a tipificação da infração ou responsabilidade do servidor. 

A autoridade responsável pela unidade administrativa em que tenha ocorrido a irregularidade ou infração, cuja autoria seja desconhecida, requisitará, à autoridade superior, a instauração do inquérito administrativo, com exposição dos fatos e circunstâncias.