A APEX Brasil remeterá ao Tribunal de Contas da União, até 31 de janeiro do ano seguinte ao término do exercício financeiro, as contas da gestão anual aprovadas pelo Conselho Fiscal. 

O Conselho Fiscal será composto por dois representantes do Poder Executivo e um da sociedade civil, e respectivos suplentes, escolhidos na forma estabelecida em regulamento, com mandato de dois anos, podendo ser reconduzidos uma única vez, por igual período.

Compete à APEX Brasil a promoção comercial de exportações relativas às áreas industrial e comercial, não fazendo parte de sua competência as áreas de serviço e tecnologia. 

São órgãos de direção da APEX Brasil o Conselho Deliberativo, composto por seis membros; o Conselho Fiscal, composto por três membros; e a Diretoria Executiva, composta por um presidente e dois diretores.