A LRF estabelece que os alertas dos tribunais de contas só podem ocorrer após o encerramento do exercício financeiro, quando já consolidados os dados da execução orçamentária e financeira. 

Os tribunais de contas alertarão os poderes quando os montantes das dívidas consolidada e mobiliária, das operações de crédito e da concessão de garantia se encontrarem acima de 90% dos respectivos limites.  

Os tribunais de contas somente devem emitir alertas quando a despesa com pessoal ultrapassar o limite de 95% e quando a dívida mobiliária exceder o limite definido no Senado Federal.

Aos tribunais de contas compete realizar os cálculos dos limites da despesa total com pessoal de cada Poder e órgão, conforme definido na LRF.  

Nos termos da LRF, os tribunais de contas devem emitir alertas quando constatarem fatos que possam comprometer os custos ou os resultados dos programas, desde que também estejam presentes indícios de irregularidades na gestão orçamentária.