Devido à natureza sensível dos temas, o registro da avaliação deve ser feito apenas por meio de provas objetivas e não deve envolver instrumentos como autoavaliação, debate ou análise de filmes, para evitar o risco de o professor invadir a esfera de convicções religiosas do aluno.

A avaliação em Ensino Religioso possui caráter predominantemente formativo e deve ter como ponto de partida os objetivos de aprendizagem, utilizando instrumentos diversificados: seminários, debates, trabalhos, discussões, provas, entrevista, pesquisa, leituras de imagens, vídeos, socialização musical, entre tantos outros. 

Os critérios de avaliação devem ser definidos pelo docente no final do período letivo e não precisam ser compartilhados com os educandos, pois o foco deve ser a clareza conceitual e a sequência lógica dos argumentos apresentados nas provas escritas.

O mapeamento de resultados na avaliação do ER visa informar aos pais sobre o progresso do aluno e não deve ser utilizado para que o professor reelabore sua prática pedagógica, visto que o conteúdo é determinado rigidamente pela BNCC.

A avaliação deve priorizar a identificação da adesão ou não do estudante aos valores e princípios éticos de uma tradição religiosa específica, como forma de garantir que o Ensino Religioso cumpra sua finalidade de orientar a conduta moral e espiritual.