O pedagogo atua no acompanhamento pedagógico, articulando o Projeto Terapêutico Singular junto à equipe multidisciplinar, visando à autonomia e reinserção social do usuário.

O pedagogo no CAPSi tem como função principal a prescrição de medicamentos e o acompanhamento psiquiátrico direto das crianças e adolescentes, substituindo a atuação médica, pois na proposta da Reforma Psiquiátrica no Brasil deve-se favorecer o desenvolvimento cognitivo, social e afetivo.

O pedagogo deve integrar-se com psicólogos, assistentes sociais, terapeutas ocupacionais, psiquiatras e demais profissionais no processo de alfabetização dos usuários e suas famílias, visando à autonomia e reinserção social do usuário através da aprendizagem da leitura e da escrita. 

O pedagogo, por ser um especialista em desenvolvimento infantil, é responsável por registrar no prontuário as atividades realizadas prescritas pelo psiquiatra, pois ele é o líder da equipe multiprofissional no CAPSi que define melhor as estratégias de desenvolvimento cognitivo, social e afetivo.

A função do pedagogo no CAPSi limita-se a encaminhar crianças e adolescentes para a escola regular, resgatando o sujeito da aprendizagem com foco no desenvolvimento cognitivo, visando à autonomia e à reinserção social do usuário.