A auditoria operacional avalia a economicidade, a eficiência, a eficácia e a efetividade das ações governamentais — sendo distinta da auditoria de conformidade pela natureza do objeto avaliado. A característica que diferencia metodologicamente a auditoria operacional da auditoria de conformidade — quanto ao critério de avaliação utilizado pelo auditor para formular os achados —, é que a auditoria operacional: