A constituição das juntas eleitorais do estado de Mato Grosso não é da competência do TRE/MT, sendo incumbência do Tribunal Superior Eleitoral.

Os juízes efetivos e suplentes do TRE/MT, salvo motivo justificado, servirão por dois anos, não podendo ultrapassar dois biênios consecutivos, os quais são contados de forma ininterrupta, descontando-se apenas os afastamentos decorrentes de férias.

O presidente do TRE/MT é escolhido pelo presidente da República entre os indicados em lista tríplice pelo tribunal.

O TRE/MT compõe-se, mediante eleição por voto secreto, de dois juízes, entre os ministros do Superior Tribunal de Justiça. 

Ocorrendo vacância em quaisquer dos cargos de direção do tribunal dentro do primeiro ano do biênio, o presidente convoca, imediatamente, uma sessão para escolha do suplente, que deve completar o mandato.