O princípio da autonomia do paciente é um direito que deve ser exercido em consonância com o respeito às evidências científicas e aos protocolos estabelecidos, sendo o diálogo entre profissionais e usuários fundamental para a tomada de decisões. 

O Artigo 3º assegura que toda pessoa usuária do sistema de saúde tem o dever de seguir rigorosamente as orientações fornecidas pelos profissionais, sem possibilidade de questionamento, uma vez que a saúde pública é uma prioridade coletiva.

A pessoa usuária da saúde tem o direito de participar ativamente de todas as decisões relacionadas ao seu cuidado, incluindo a escolha de tratamentos, mesmo que essas decisões possam conflitar com as orientações técnicas e éticas do profissional de saúde. 

A Carta prevê no Artigo 3º que a confidencialidade das informações médicas é garantida apenas em situações de internação hospitalar, sendo que em atendimentos ambulatoriais essa prerrogativa pode ser flexibilizada.

O Artigo 3º garante que a pessoa usuária tem o direito de solicitar, em qualquer momento, a interrupção do tratamento, independentemente das condições clínicas ou da gravidade do quadro, uma vez que a autonomia da pessoa é soberana em todas as situações de cuidado.