A HPN é uma doença que afeta os eritrócitos apenas, no hemograma, plaquetas e leucócitos permanecem dentro dos parâmetros normais. 

Esplenomegalia volumosa é frequente na HPN a qual sugere trombose da veia porta ou esplênica, bem como a hepatomegalia sugere trombose da veia hepática, que, se for somada à ascite, pode ser denominada síndrome de Budd-Chiari.

 A anemia pode ser normocítica, mas, frequentemente é microcítica, com reticulocitose absoluta

A citometria de fluxo é o padrão-ouro no diagnóstico de HPN, com quantificação precisa do tamanho da população de células HPN; o melhor anticorpo é o anti-CD59.

A bilirrubina é discretamente aumentada com a desidrogenase lática (DHL) alta e a haptoglobina elevada na maioria dos casos.