Não compete à EBSERH administrar unidades hospitalares, bem como prestar serviços de assistência médico-hospitalar, ambulatorial e de apoio diagnóstico e terapêutico à comunidade, no âmbito do SUS.

Os contratos firmados pela EBSERH e as instituições federais de ensino não deverão, necessariamente, ter ampla divulgação por intermédio dos sítios da EBSERH e da entidade contratante na internet.

Constituem recursos da EBSERH as dotações que lhe forem consignadas no orçamento da União e as receitas decorrentes da prestação de serviços compreendidos em seu objeto, da alienação de bens e direitos, das aplicações financeiras que realizar, dos direitos patrimoniais (tais como aluguel, foros, dividendos e bonificações) e dos acordos e convênios que realizar com entidades nacionais e internacionais.

Deverá a EBSERH integrar, articular e otimizar os processos de atenção à saúde e de gestão dos hospitais universitários federais e demais hospitais universitários, inclusive de instituições de ensino superior particular, por meio de um sistema de informação, monitoramento, avaliação e aperfeiçoamento unificado, em consonância com as necessidades decorrentes da missão da EBSERH, de acordo com as finalidades das instituições de ensino superior e em função das necessidades, condições e possibilidades regionais e institucionais.

A EBSERH tem por finalidade administrar os hospitais-escolas, mediante remuneração das universidades públicas e privadas.