É competência da EBSERH apoiar a execução de planos de ensino e pesquisa de instituições federais de ensino superior e de outras instituições congêneres, cuja vinculação com o campo da saúde pública ou com outros aspectos da sua atividade torne necessária essa cooperação, em especial na implementação das residências médica, multiprofissional e em área profissional da saúde, nas especialidades e regiões estratégicas para o SUS.

A Administração Pública deverá realizar licitações para contratar a EBSERH, para realizar atividades relacionadas ao seu objeto social, sempre na busca do melhor preço.

Podem participar dos órgãos da EBSERH os que detenham controle ou participação relevante no capital social da pessoa jurídica inadimplente com a EBSERH ou que lhe tenha causado prejuízo ainda não ressarcido, estendendo-se esse impedimento aos que tenham ocupado cargo de administração em pessoa jurídica nessa situação, no exercício social imediatamente anterior à data da eleição ou nomeação.

A EBSERH será administrada por uma Diretoria Executiva composta pelo Presidente e até seis Diretores, todos nomeados e destituídos somente após o prazo de dois anos da nomeação, exceto em caso de justa causa, pelo Presidente da República.

O Presidente, o Vice-Presidente e os Diretores da EBSERH serão nomeados entre brasileiros ou estrangeiros que tenham idoneidade moral e reputação ilibada. Não é necessária experiência de função ou de efetiva atividade profissional que exija conhecimentos de gestão, atenção hospitalar e do ensino em saúde.