cf Art. 19. É vedado à União, aos Estados, ao Distrito Federal e aos Municípios: I - estabelecer cultos religiosos ou igrejas, subvencioná los, embaraçar-lhes o funcionamento ou manter com eles ou seus representantes relações de dependência ou aliança, ressalvada, na forma da lei, a colaboração de interesse público; II - recusar fé aos documentos públicos; III - criar distinções entre brasileiros ou preferências entre si.  

Basicamente, o que a questão cobrou foi uma regra de "respeito mútuo" entre os entes públicos. O Município não pode simplesmente olhar para um documento oficial (como um RG, uma certidão de nascimento ou um alvará federal) e dizer: "Aqui isso não vale".

Além dessa proibição de recusar fé aos documentos públicos, existem outras duas que sempre caem juntas em provas de Lei Orgânica e Constituição:

1. Religião: O Município não pode estabelecer cultos, subvencionar igrejas ou manter relações de dependência com elas (o Estado é laico).
2. Privilégios: É proibido criar distinções entre brasileiros ou preferências entre Estados e Municípios.