A jurisdição do TCU alcança somente órgãos e entidades, não alcançando pessoas físicas responsáveis pela gestão de recursos públicos federais. 

O TCU classifica as contas exclusivamente como regulares, irregulares sem ressalva e irregulares. 

Apenas órgãos e entidades da administração direta estão sujeitos à prestação de contas ao Tribunal.

Ao identificar irregularidade, o TCU pode apurar responsabilidade individual ou solidária. Havendo débito, o responsável pode ser citado para apresentar defesa ou recolher o valor devido; sem débito, pode ser chamado a apresentar justificativas. Se revel, o processo prossegue. Em caso de contas irregulares com dano, pode haver condenação ao ressarcimento, com atualização monetária e juros. 

Toda penalidade decorrente de irregularidade com recursos públicos é aplicada diretamente pelo TCU, inclusive perda de cargo, cassação de mandato e pena de reclusão.