A Comissão Interministerial tem por finalidade propor planos de ação para a prevenção e o controle do desmatamento e das queimadas nos biomas brasileiros, coordenando a implementação do Plano de Ação para Prevenção e Controle do Desmatamento na Amazônia Legal (PPCDAm) e nos demais biomas. 

A Comissão Interministerial Permanente possui caráter deliberativo-final, de modo que suas decisões sobre fiscalização ambiental no campo sobrepõem-se aos autos de infração lavrados pelo Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (IBAMA).

A referida Comissão Interministerial é presidida exclusivamente pelo Ministro da Defesa, possuindo autoridade para requisitar fundos do Tesouro Nacional sem a participação do Ministério do Meio Ambiente e Mudança do Clima.

O Decreto nº 11.367, de 1º de janeiro de 2023, estabelece que a Comissão deve focar apenas no bioma Pantanal, sendo vedada a formulação de estratégias para a Amazônia Legal devido a acordos de cooperação internacional pré-existentes.