O órgão federal coordenador do sistema nacional de controle da origem dos produtos florestais controla de onde vêm os produtos da floresta e pode proibir estados e municípios de emitirem o documento de origem (DOF) se eles não forem integrados ao sistema nacional. 

O plantio ou o reflorestamento com espécies florestais nativas ou exóticas, bem como o corte ou a exploração de espécies nativas plantadas em área de uso alternativo do solo, embora independam de autorização prévia, exigem, em ambos os casos, apenas a informação ao órgão competente no prazo de até 1 (um) ano para fins de controle de origem. 

Todo aquele que recebe ou adquire, para fins comerciais ou industriais, madeira, lenha, carvão e outros produtos ou subprodutos de florestas de espécies nativas, é obrigado a exigir a apresentação do Documento de Origem Florestal (DOF), mas a via que acompanha o material até o beneficiamento final é de responsabilidade exclusiva do transportador. 

A comercialização doméstica de plantas vivas e produtos da flora nativa requer licença do órgão estadual competente do Sisnama e registro no Cadastro Técnico Federal (CTF), enquanto a exportação, embora necessite de licença do órgão federal competente do Sisnama, dispensa o registro no CTF por ser uma operação de comércio exterior. 

A extração de lenha e demais produtos de florestas plantadas é livre, independentemente da localização da floresta, desde que não se destine a fins comerciais ou industriais, visando à desburocratização para pequenos produtores rurais.