O julgamento de habeas corpus contra decisão de turma recursal de Juizados Especiais Criminais da Justiça Federal compete ao Tribunal Regional Federal da área de jurisdição.

O incidente de deslocamento de competência para a Justiça Federal, nas hipóteses de grave violação de Direitos Humanos, poderá alcançar fatos anteriores à sua instituição pela Emenda Constitucional nº 45/2004. 

As penas impostas pela Justiça Federal serão executadas pela Justiça Estadual, quando o condenado estiver recolhido a estabelecimentos sujeitos à administração estadual.

A Justiça Federal detém competência para julgar contravenções penais praticadas em detrimento de bens, serviços ou interesse da União ou de suas entidades autárquicas ou empresas públicas.

O Procurador-Geral da República, nas hipóteses de grave violação de Direitos Humanos, poderá, em qualquer fase do inquérito ou processo, suscitar incidente de deslocamento de competência para a Justiça Federal, perante o Supremo Tribunal Federal.