Da mesma forma que o “leite”, o “iogurte” de soja apresenta-se com alta concentração de isoflavonas, fato este decorrente das etapas do processamento e, principalmente, do fator de diluição empregado na obtenção do “leite”.

Para o processamento do extrato hidrossolúvel de soja destacam-se três processos: Métodos de Cornell, conhecido como trituração à quente; Método de Illinois, conhecido como pré-branqueamento; e Método da Hidratação Rápida, em que a soja moída é misturada com água quente e submetida a uma corrente de vapor à 154 °C por 30 s.

A ação do calor faz com que os inibidores de tripsina se liguem a outros componentes do grão, perdendo a atividade. Porém, a inativação pode não ser consequência da desnaturação proteica, uma vez que a atividade pode ser totalmente regenerada quando submetida à hidrólise enzimática.

A lipoxigenase, embora não seja considerada um fator antinutricional, é uma enzima que promove a oxidação dos ácidos graxos poli-insaturados, com consequente formação de aldeídos responsáveis pelo sabor desagradável dos derivados de soja.

A soja é a mais rica das leguminosas em termos nutricionais. Apresenta, em média, 40 % de proteínas, 20 % de lipídios, 30 % de carboidratos, 5 % de fibras e 5 % de cinzas. Com exceção dos aminoácidos sulfurados, as proteínas da soja apresentam um balanço adequado de aminoácidos essenciais, além do grande número de componentes bioativos, dentre eles, as isoflavonas.