É composto por nove membros, nomeados pelo Ministro de Estado da Educação. 

O prazo de gestão dos membros do Conselho de Administração será de um ano contado a partir da data de publicação do ato de nomeação, podendo ser reconduzidos por igual período.

Os membros do Conselho de Administração farão jus a honorários mensais correspondentes a noventa por cento da remuneração média mensal dos Diretores da EBSERH, além do reembolso, obrigatório, das despesas de locomoção e estada necessárias ao desempenho da função. 

O Conselho de Administração reunir-se-á, ordinariamente, semanalmente e, extraordinariamente, sempre que for convocado pelo Presidente, a seu critério, ou por solicitação de, pelo menos, cinco de seus membros.

A presidência do Conselho de Administração deve ser exercida pelo Presidente da EBSERH.