A inflamação da tireoide pode causar hipotireoidismo temporário. A tireoide subaguda é provavelmente causada por uma infecção com um vírus. A inflamação autoimune que ocorre após o parto (tireoidite linfocítica silenciosa) é outra causa. O hipotireoidismo normalmente é temporário, porque a tireoide não está destruída. 

A ausência crônica de iodo na dieta é a causa mais frequente do hipotireoidismo em muitos países em desenvolvimento. Entretanto, a deficiência de iodo é uma causa rara de hipotireoidismo nos Estados Unidos porque o iodo é adicionado ao sal de mesa e também é utilizado para esterilizar as mamas do gado leiteiro e, portanto, está presente em laticínios.

A aplicação de radiação à cabeça e pescoço, geralmente administrada na forma de radioterapia para o tratamento do câncer, é pouco provável que pode causar hipotireoidismo. 

As causas mais raras de hipotireoidismo incluem alguns distúrbios hereditários onde uma alteração das enzimas nas células da tireoide não permite que a glândula produza ou secrete uma quantidade suficiente de hormônios tireoidianos suficientes (consulte também Hipotiroidismo em bebês e crianças). 

O hipotireoidismo secundário ocorre quando a hipófise falha em secretar hormônio estimulante da tireoide (TSH) suficiente, que é necessário para a estimulação normal da tireoide. O hipotireoidismo secundário é muito mais raro que o primário.