Os sistemas municipais de saúde apresentam níveis de equidade em relação a complexidade, sendo comum estabelecimentos ou órgãos de saúde de um município atenderem usuários encaminhados por outro.

A gerência (comando) dos estabelecimentos ou órgãos de saúde de um município é da pessoa jurídica que opera o serviço, sejam estes estatais (federal, estadual ou municipal) ou privados. Assim, a relação desse gerente deve ocorrer somente com o gestor do município onde o seu estabelecimento está sediado, seja para atender a população local, seja para atender a referenciada de outros municípios.

O gestor do sistema municipal é responsável pelo controle, pela avaliação e pela auditoria dos prestadores de serviços de saúde (estatais ou privados) situados em seu município.

Em função das dessas peculiaridades, o pagamento final a um estabelecimento pela prestação de serviços requeridos na localidade ou encaminhados de outro município é sempre feito pelo poder público do município sede do estabelecimento.

Quando um município, que demanda serviços a outro, ampliar a sua própria capacidade resolutiva, pode requerer, ao gestor estadual, que a parte de recursos alocados no município vizinho seja realocada para o seu município.