A APEX Brasil remeterá ao Tribunal de Contas da União, até 31 de janeiro do ano seguinte ao término do exercício financeiro, as contas da gestão anual aprovadas pelo Conselho Fiscal. 

Compete à APEX Brasil a promoção comercial de exportações relativas às áreas industrial e comercial, não fazendo parte de sua competência as áreas de serviço e tecnologia. 

O Conselho Fiscal será composto por dois representantes do Poder Executivo e um da sociedade civil, e respectivos suplentes, escolhidos na forma estabelecida em regulamento, com mandato de dois anos, podendo ser reconduzidos uma única vez, por igual período. 

São órgãos de direção da APEX Brasil o Conselho Deliberativo, composto por seis membros; o Conselho Fiscal, composto por três membros; e a Diretoria Executiva, composta por um presidente e dois diretores.