As auditorias financeiras podem ser realizadas como trabalhos de certificação ou de relatório direto, conforme o objeto auditado e o nível de asseguração pretendido.

As auditorias operacionais e de conformidade têm formato padronizado de opinião, semelhante ao utilizado nas auditorias financeiras.

A auditoria operacional visa verificar se intervenções, programas ou instituições atuam em conformidade com os princípios de economicidade, eficiência, eficácia e efetividade, bem como identificar oportunidades de aperfeiçoamento da gestão.

A auditoria operacional é sempre um trabalho de certificação, cujo objetivo principal é a emissão de opinião padronizada acerca da conformidade das demonstrações financeiras. 

A auditoria de conformidade tem por objetivo avaliar a eficiência, eficácia e efetividade de programas governamentais, sendo necessariamente um trabalho de relatório direto.