Os órgãos de fiscalização da EBSERH são o Conselho Fiscal e a Diretoria Executiva.

O mandato dos membros do Conselho Fiscal será de dois anos, contados a partir da data de publicação do ato de nomeação, podendo ser reconduzidos por igual período.

Em caso de renúncia, falecimento ou impedimento de um membro efetivo, o Conselho Fiscal é dissolvido.

Auditores internos podem cumular função de gestão da EBSERH.

A Auditoria Interna não possui autorização para acesso a registros, pessoal, informações, sistemas e propriedades físicas relevantes à execução de suas ações de controle, devendo requerer tal acesso, quando necessário, ao juiz competente.