O controle interno é exercido de forma exclusiva pelos órgãos especializados que compõem a estrutura central do sistema de controle de cada Poder, sendo vedada aos agentes públicos que exercem funções finalísticas a prática de atos de autocontrole administrativo.

Entre as finalidades constitucionais do controle interno inclui-se a de apoiar o controle externo no exercício de sua missão institucional, o que estabelece uma relação de subordinação hierárquica do órgão de controle interno para com o tribunal de contas.

Os cidadãos são partes ilegítimas para denunciar irregularidades perante o TCU, sendo tal prerrogativa exclusiva dos partidos políticos, das associações, dos sindicatos e dos órgãos integrantes do sistema de controle interno.

A fiscalização contábil, financeira e orçamentária do município será exercida pelo controle externo da câmara municipal com auxílio dos tribunais de contas dos municípios ou conselhos de contas municipais, se houver, sendo permitida a criação de novos órgãos de controle municipal pelo Poder Legislativo local.

É competência do sistema de controle interno de cada Poder comprovar a legalidade da gestão orçamentária, financeira e patrimonial nos órgãos e nas entidades da administração federal bem como avaliar os resultados quanto à eficácia e eficiência.