É possível que o início das tratativas sobre a colaboração premiada possa ser realizado sem a presença de advogado constituído ou defensor público, sendo facultado ao réu dispensar a assistência.

A proposta de acordo de colaboração premiada poderá ser sumariamente indeferida, independentemente da devida justificativa, mas cientificando-se o interessado.

 O juiz das garantias é responsável pelo controle da legalidade da investigação criminal e pela salvaguarda dos direitos individuais cuja franquia tenha sido reservada à autorização prévia do Poder Judiciário, competindo-lhe especialmente decidir sobre a homologação de acordo de não persecução penal ou os de colaboração premiada, quando formalizados durante a investigação. 

No acordo de colaboração premiada, o colaborador não é obrigado a narrar todos os fatos ilícitos para os quais concorreu, pois ninguém é obrigado a fazer prova contra si mesmo.

Considerando a relevância da colaboração prestada, o Ministério Público, a qualquer tempo, e o delegado de polícia, nos autos do inquérito policial, com a manifestação do Ministério Público, poderão requerer ou representar ao juiz pela concessão de perdão judicial ao colaborador, desde que esse benefício tenha sido previsto na proposta inicial.