A colaboração premiada é benefício de natureza personalíssima cujos efeitos, no entanto, são extensíveis a corréus. 

Em caso de conflito de interesses entre a parte que pretende a colaboração e seu advogado ou defensor público, ou em se tratando de colaborador hipossuficiente, deve prevalecer o interesse manifestado pela defesa técnica (advogado constituído ou defensor público), porquanto esta é a mais habilitada para avaliar a conveniência e oportunidade do prosseguimento da proposta. 

A homologação do acordo de colaboração premiada determina, necessariamente, a efetivação dos benefícios nele acertados.

Cabe ao órgão julgador da ação penal que vier a ser deflagrada sobre fatos objeto da colaboração decidir sobre a extensão e a aplicabilidade dos benefícios pactuados no acordo de colaboração homologado.

Apesar de ser um negócio jurídico processual personalíssimo, o acordo de colaboração premiada, conforme entendimento unânime do Pleno do STF, pode ser impugnado por coautores ou partícipes do colaborador na organização criminosa e nas infrações penais por ela praticadas.