As áreas de preservação permanente restringem-se às margens dos cursos de água naturais, não alcançando outras formações ambientais sensíveis.

A classificação dos corpos de água tem por finalidade orientar o planejamento ambiental e a formulação de políticas públicas, não sendo, por si só, suficiente para restringir atividades potencialmente poluidoras na ausência de parâmetros específicos de lançamento.

As regras do CONAMA sobre lançamento de efluentes estabeleceram disciplina normativa autônoma, desvinculada dos padrões de qualidade dos corpos de água.

O CONAMA estabelece um regime normativo ambiental integrado, uma vez que as normas sobre áreas de preservação permanente impõem limites materiais ao uso do território; a classificação dos corpos de água define padrões vinculantes de qualidade ambiental; e as regras sobre lançamento de efluentes complementam esses padrões, sem afastá-los.

As normas sobre áreas de preservação permanente admitem, como regra, a intervenção e a supressão de vegetação, desde que observados critérios técnicos de conveniência administrativa.