Não são considerados tempo de detenção ou prisão disciplinar o tempo de prisão preventiva e o tempo em que o transgressor tenha deixado de ser recolhido por não lhe haver sido dado substituto no serviço em que se encontrava; também não será computado para o cumprimento da punição disciplinar o tempo que o transgressor permanecer hospitalizado.

As transgressões militares são classificadas em gravíssimas, graves, médias e leves, conforme a gradação do dano que possam causar à disciplina, ao serviço, à instrução e ao patrimônio da Fazenda Nacional, considerando-se, para esse fim, a pessoa do transgressor, em conjunto com as circunstâncias que o condicionaram.

A prática de transgressão disciplinar relacionada, ou não, com o exercício da atividade militar especialmente considerada não obsta o pagamento da indenização de compensação orgânica, visto que é vedada a suspensão desse pagamento, em qualquer caso, ao militar em atividade.

O procedimento instaurado para apurar e executar as punições disciplinares deve tramitar em sigilo administrativo, permitindo-se o acesso a ele apenas ao militar diretamente interessado, a seu defensor e ao superior hierárquico.

Cometerá transgressão disciplinar o militar que transportar, na aeronave que estiver comandando, pessoal ou material sem autorização de autoridade competente, deixar de cumprir punição legalmente imposta e comunicar a superior hierárquico que irá representar contra ele e deixar de fazê-lo, quando não constituir crime.