O controle interno e o controle externo são independentes e complementares: o controle interno é exercido pela CGM no âmbito do próprio Município, enquanto o controle externo é exercido pelo Legislativo com auxílio do Tribunal de Contas.

O controle externo substitui o controle interno, tornando desnecessária a existência de uma Controladoria Municipal.

O controle externo é hierarquicamente subordinado ao controle interno, devendo acatar suas conclusões.

Os servidores da CGM integram o quadro do Tribunal de Contas Municipal e a ele se subordinam diretamente.