A dimensão temporal do impacto não é considerada; portanto, não há diferenciação de efeitos de curto, médio ou longo prazo. 

Apresenta subjetividade na definição de impactos, bem como na atribuição de magnitude e importância destes; o analista faz as tarefas de acordo com os seus critérios.

Devido à quantidade elevada de quadrículas preenchidas, torna-se difícil a interpretação e visualização dos impactos, sendo necessária uma nova seleção para eliminar os menos significativos.

A matriz representa o meio ambiente como um conjunto de compartimentos que não se inter-relacionam. Considera apenas interações lineares (efeitos primários) e não interações complexas entre ações ou entre fatores ambientais ou efeitos colaterais.

Facilita demais a comunicação por ser um resumo do texto da avaliação ambiental; possibilita que vários técnicos que acessam os estudos de impacto ambiental determinem muito rapidamente quais são os impactos considerados significativos e sua importância relativa.