Somente o Ministério da Educação e o Conselho Nacional de Educação realizam o monitoramento, enquanto o Congresso Nacional apenas delibera sobre a revisão das metas. 

O monitoramento é realizado pelo Ministério da Educação, pelas Comissões de Educação da Câmara dos Deputados e do Senado Federal, pelo Conselho Nacional de Educação e pelo Fórum Nacional de Educação.

As avaliações periódicas são de responsabilidade exclusiva do Ministério da Educação, que poderá consultar, facultativamente, as demais instancias do Sistema Nacional de Educação. 

O acompanhamento do PNE e feito pelo Ministério da Educação, pelo Tribunal de Contas da União e pelas comissões de educação da Câmara e do Senado, com caráter fiscalizatório e vinculante. 

As instancias de monitoramento são definidas a cada  gestão do Ministério da Educação, mediante decreto específico, não havendo determinação expressa na Lei nº 13.005/2014.