A avaliação do programa é promovida anualmente pelo Poder Executivo, sem a participação de outros órgãos ou ministérios.  

O Ministério da Educação é o único responsável pela avaliação e deve divulgar um relatório a cada 10 anos com dados sobre a permanência dos alunos.

A cada 10 anos, a contar da data de publicação da lei, será promovida a avaliação do programa especial, e o Ministério da Educação deverá divulgar, anualmente, um relatório com dados sobre o acesso, a permanência e a conclusão dos alunos. 

O acompanhamento do programa é feito exclusivamente pela Fundação Nacional dos Povos Indígenas (Funai), por meio de relatórios anuais.  

As instituições federais de ensino superior são as únicas responsáveis por realizar a avaliação do programa com base em critérios internos e sem a necessidade de relatórios públicos.