Durante muitos anos, o SISVAN funcionou como um instrumento de coleta e armazenamento de informações, não tendo caráter analítico nem organização eficaz que possibilite o reconhecimento de um diagnóstico longitudinal da situação de saúde no nosso país, devido ao fato de as políticas públicas privilegiarem a medicina curativa em detrimento da preventiva.

Devido ao fato de o SISVAN possuir caráter universal, é inviável a cobertura de toda a população, sendo que, muitas vezes, as análises realizadas pelo sistema desconsideram particularidades regionais, superestimando a importância da obesidade.

Um fato que dificulta o funcionamento totalmente eficaz do SISVAN é o número insuficiente de nutricionistas atuantes na Atenção Primária à Saúde, visto que somente esse profissional é capacitado para realizar a gestão do sistema.

As ações do SISVAN são de natureza local, o que contradiz as diretrizes de integralidade e multidisciplinariedade, havendo uma real necessidade de revisão do sistema de vigilância no país.