Entre suas competências, está a de autorizar a realização de quaisquer acordos, contratos e convênios que constituem ônus, obrigações ou compromissos para a EBSERH. 

Suas deliberações se dão por maioria de votos e são registradas em atas, cabendo ao presidente, além do voto ordinário, o de qualidade, e também o poder de veto às referidas deliberações, devendo-se, neste último caso, submeter-se ao Conselho de Administração. 

Os contratos que a EBSERH celebrar, ou nos quais intervir, e os atos que envolvem obrigações ou responsabilidades por parte da empresa, títulos ou documentos emitidos em decorrência de obrigações contratuais, bem como os cheques e outras obrigações de pagamento, deverão ser assinados pelo presidente, em conjunto com um diretor. 

Entre os requisitos para ser diretor da EBSERH, é exigido possuir notórios conhecimentos na área de gestão, da atenção hospitalar ou do ensino em saúde, bem como mais de 10 anos no exercício de função ou de efetiva atividade profissional que exige os referidos conhecimentos. 

A Diretoria reunir-se-á, ordinariamente, uma vez por mês e, extraordinariamente, sempre que convocada pelo presidente da EBSERH, deliberando com a presença da maioria de seus membros.