Consiste em órgão vinculado diretamente ao Conselho Fiscal, que realiza atividades independentes de avaliação e de assessoramento aos gestores da entidade, no acompanhamento da execução dos programas de governo, visando comprovar o cumprimento das metas, o alcance dos objetivos e a adequação da gestão. 

Serão submetidas, pelo presidente da EBSERH, à aprovação do Conselho Fiscal a nomeação, a designação, a exoneração ou a dispensa do auditor geral, titular da Auditoria Interna da Sede. 

Entre as competências da Auditoria Interna, está a de examinar e emitir Parecer quanto à Prestação de Contas anual, e tomada de contas especial, nos termos da legislação em vigor. 

Recebe orientação normativa e supervisão técnica e administrativa do Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Federal, de acordo com o Decreto n o 3.591/2000. 

Depende de prévia aprovação pela Controladoria-Geral da União a atuação dos auditores internos em atividades que podem caracterizar participação na gestão.