O principal mecanismo de morte súbita na CMH é a ruptura da parede livre do ventrículo esquerdo devido à espessura excessiva do miocárdio.

A obstrução da via de saída do ventrículo esquerdo (VSVE) é dinâmica e causada pelo Movimento Anterior Sistólico (SAM) da valva mitral em direção ao septo hipertrofiado, gerando um gradiente de pressão intraventricular e frequentemente insuficiência mitral associada.

A obstrução ocorre na via de entrada do ventrículo (diástole), impedindo o enchimento ventricular, mas não afeta a sístole ou a via de saída.

A obstrução é fixa e causada pela calcificação da valva aórtica, comportando-se hemodinamicamente de forma idêntica à estenose aórtica senil.