O fechamento de defeito septal ventricular é formalmente indicado, quando o paciente apresenta história prévia de endocardite infecciosa, mesmo sem evidência de sobrecarga volumétrica esquerda.

Até o período de um semestre, após correção completa do quadro de cardiopatia congênita, seja por intervenção percutânea ou cirúrgica, é indicada a profilaxia de endocardite bacteriana em casos de manipulação da gengiva ou perfuração da mucosa oral.

Flebotomia é indicada em pacientes, quando sintomáticos e hidratados, com hemoglobina superior a 18 g/dl e hematócrito superior a 55%, devido a cardiopatia congênita cianogênica.

Pacientes com defeito septal atrial de tamanho inferior a 5 mm sem evidência de sobrecarga de câmaras direitas podem ter indicação de seu fechamento, se apresentam quadro associado de embolismo paradoxal.