O juiz das garantias é o responsável pela supervisão da investigação criminal e pela condução da ação penal, garantindo a imparcialidade em todas as fases do processo.

Conforme interpretação conferida pelo STF, o juiz das garantias será investido conforme as normas de organização judiciária da União, dos Estados e do Distrito Federal, observando critérios objetivos a serem periodicamente divulgados pelo respectivo tribunal. 

Cabe ao juiz das garantias prorrogar a prisão provisória ou outra medida cautelar, bem como substituí-las ou revogá-las, assegurando, no primeiro caso, obrigatoriamente, o exercício do contraditório em audiência pública e oral. 

Compete ao juiz das garantias decidir sobre o recebimento da denúncia ou queixa. 

O juiz que, na fase de investigação, praticar qualquer ato incluído nas competências dos artigos 4º e 5º do CPP, ficará impedido de funcionar no processo.