A PNAES estabelece que a Atenção Especializada em Saúde deve atuar de forma integrada à Atenção Primária à Saúde e aos demais componentes da Rede de Atenção à Saúde, favorecendo a continuidade do cuidado e a coordenação entre os serviços. 

A PNAES atribui exclusivamente aos hospitais a responsabilidade pela coordenação do cuidado das pessoas com condições crônicas, independentemente da atuação da Atenção Primária à Saúde. 

A organização da Atenção Especializada em Saúde passa a dispensar mecanismos de regulação assistencial, desde que haja oferta suficiente de consultas e exames especializados.

A PNAES restringe a Atenção Especializada em Saúde aos serviços ambulatoriais especializados, excluindo os serviços hospitalares de sua abrangência. 

A implementação da PNAES substitui as competências dos estados e municípios na organização da atenção especializada, concentrando a gestão desses serviços na esfera federal.