EIS O CITADO ARTIGO...Art. 28. Se o órgão do Ministério Público, ao invés de apresentar a denúncia, requerer o arquivamento do inquérito policial ou de quaisquer peças de informação, o juiz, no caso de considerar improcedentes as razões invocadas, fará remessa do inquérito ou peças de informação ao procurador-geral, e este oferecerá a denúncia, designará outro órgão do Ministério Público para oferecê-la, ou insistirá no pedido de arquivamento, ao qual só então estará o juiz obrigado a atender. :) “CONFLITO DE ATRIBUICOES. JUIZ E MP FEDERAL. PEDIDO DE ARQUIVAMENTO INDIRETO (ART-28 DO CPP). A RECUSA DE OFERECER DENUNCIA POR CONSIDERAR INCOMPETENTE O JUIZ, QUE NO ENTANTO SE JULGA COMPETENTE, NAO SUSCITA UM CONFLITO DE ATRIBUICOES, MAS UM PEDIDO DE ARQUIVAMENTO INDIRETO QUE DEVE SER TRATADO A LUZ DO ART-28 DO CPP. CONFLITO DE ATRIBUICOES NAO CONHECIDO.”(STF – Tribunal Pleno – CA no 12/BA – Rel. Min. Rafael Mayer – julg. 01/04/1982 – DJ de 09/12/1983). PROMOTOR PÚBLICO QUE ALEGA A INCOMPETÊNCIA DO JUÍZO, REQUERENDO A REMESSA DOS AUTOS DO INQUÉRITO PARA AQUELE QUE CONSIDERA COMPETENTE – PONTO DE VISTA DESACOLHIDO PELO RESPECTIVO MAGISTRADO, QUE AFIRMA A SUA COMPETÊNCIA – INEXISTÊNCIA DE CONFLITO DE JURISDIÇÃO OU DE ATRIBUIÇÕES – MANIFESTAÇÃO QUE DEVE SER RECEBIDA COMO PEDIDO INDIRETO DE ARQUIVAMENTO.1. Se o magistrado discorda da manifestação ministerial, que entende ser o juízo incompetente, deve encaminhar os autos ao Procurador-Geral de Justiça, para, na forma do art. 28 do CPP, dar solução ao caso, vendo-se, na hipótese, um pedido indireto de arquivamento.2. Inexistente conflito de competência, já que se declara cumulação positivo-negativa de jurisdições, o que não configura conflito, que ou é positivo, ou é negativo.3. Igualmente não se vislumbra conflito de atribuições, se já jurisdicionalizada a discussão, onde um juiz se declarou competente e o outro não.4. Conflito não conhecido.(STJ, CAt 43/SC, Rel. Ministro ANSELMO SANTIAGO, S3, 11.06.1997, DJ 04.08.1997 p. 34642) Havendo, por parte do MP, pedido de remessa à outra esfera jurisdicional e existindo discordância judicial, o magistrado deve, por analogia, invocar o 28 do CPP, remetendo os autos ao PGR. A doutrina consagrou a expressão do caso como arquivamento indireto. Destaque-se que caso o juiz tivesse concordado com o parquet estadual, remetendo os autos ao MPF, e este não vislumbrasse interesse federal, haveria conflito de atribuições (MPF x MPE), a ser resolvido pelo STF (Pleno, ACO 853/RJ, Rel Min. Cezar Peluso, DJ 27/04/2007) Nestor Távora, em seu "Curso de Direito Processual Penal" pag. 102,  é bem obetivo e sucinto ao dizer:

 "O que se tem chamado de arquivamento indireto nada mais é do que a hipótese do MP deixar de oferecer denúncia por entender que o juízo é incompetente, requerendo a remessa dos autos ao órgão competente. Caso o magistrado discorde do pleito ministerial, como não há como obrigar opromotor a oferecer a denúncia, restaria, por analogia, invocar o art. 28, remetendo ao próprio Procurador Geral, para que este delibere a respeito."

TRF1 - HABEAS CORPUS: HC 36155 RO 0036155-85.2010.4.01.0000

Ementa

HABEAS CORPUS. PROCESSO PENAL. MINISTÉRIO PÚBLICO FEDERAL. INQUÉRITO POLICIAL. REQUERIMENTO. REMESSA DOS AUTOS À JUSTIÇA ESTADUAL. MAGISTRADO. AFIRMAÇÃO DE COMPETÊNCIA. ARQUIVAMENTO INDIRETO. SOLUÇÃO. APLICAÇÃO ANALÓGICA DO ART. 28 DO CPP. ORDEM CONCEDIDA.

Letra D - Correta - "O arquivamento indireto ocorre na hipótese em que o promotor deixa de oferecer a denúncia sob o fundamento de que o juízo em que oficia e no qual distribuído o inquérito é incompetente para ação penal, requerendo, então, ao magistrado a remessa dos autos respectivos ao juízo que reputa competente. Se, contudo, o juiz discordar deste pedido de remessa feito pelo Ministério Público, por considerar-se competente, a solução encontra-se na aplicação analógica do art. 28 do Estatuto Adjetivo Penal, a fim de que o Chefe do Ministério Público dê a última palavra. Neste caso, ou o procurador-geral concorda com a tese do membro do Ministério Público e o magistrado deverá encaminhar os autos ao Juízo considerado como competente, ou acolhe o entendimento do magistrado e delega a  outro membro do Ministério Público atuar no feito e oferecer denúncia"; (AVENA, Noberto Cláudio Pâncaro. Processo Penal: esquematizado. 2ª ed. Rio de Janeiro. Forense: São Paulo, Método, 2010)

Modalidades de arquivamento:

1 – Arquivamento implícito: Ocorre quando o promotor deixa de incluir um ou mais co réus na denúncia. Para esta posição haveria arquivamento implícito em relação a estes. Não é admitido no sistema.

2 – Arquivamento indireto: Ocorre quando o promotor declina da sua atribuição e o juiz discorda. Nesta hipótese o juiz aplica o art. 28 do CPP.

d) Recursos da decisão que determina o arquivamento do inquérito policial: Regra geral não cabe recurso da decisão de arquivamento.É irrecorrível, porém existem quatro exceções.

Exceções:

1 – Crimes contra a economia popular: Cabe recurso de ofício. O termo mais técnico seria reexame necessário. Isso está no art. 7° da lei 1.521 de 1951.

2 – Contravenção de jogo do bicho e contravenção de aposta em corrida de cavalos fora do hipódromo: Nesse caso cabe RESE.

3 – Quando a decisão pelo arquivamento for teratológica, então poderá a vítima impetrar mandado de segurança: Isso está previsto no HC 123.365 SP; relator Min. Og Fernandes, julgado em 22.06.2010.

ESPÉCIES DE ARQUIVAMENTO

·       Arquivamento IN-DIRETO: ocorre quando o MP entende que o juiz com o qual ele trabalha é IN-competente. Ou seja, EXISTINDO DIVERGÊNCIA entre o MP e a AUTORIDADE JUDICIAL, o PROCURADOR-GERAL decidirá acerca do caso (28 CPP)

Observação: Basta lembrar que INdireto = INcompetência.

Nesta hipótese poder-se-á ter duas possíveis decisões do juiz:

a) concordar com o Ministério, e determinar a remessa a Justiça competente;

b) não concordar com o Ministério, aplicando-se a regra do art. 28 do CPP.

Segundo o Supremo, quando o MP entende que não possui atribuição para agir, deve requerer ao juiz a remessa do IP ao órgão competente, se o juiz discordar por analogia, deve invocar o artigo 28 CPP encaminhando os autos ao PGMP, em fenômeno jurídico conhecido como arquivamento indireto.

·       Arquivamento IM-PLÍCITO: ocorre quando o MP DEIXA DE INCLUIR NA DENÚNCIA ALGUM FATO INVESTIGADO ou ALGUM DOS INDICIADOS e o JUIZ RECEBE a DENÚNCIA (OM-ite)

Entende-se por arquivamento implícito , o fenômeno verificado quando titular da ação penal pública deixa de incluir na denúncia algum fato investigado ou algum dos indiciados, sem justificação ou expressa manifestação deste procedimento, sendo que esse arquivamento irá se consumar quando o juiz não se pronunciar com relação aos fatos omitidos na peça de acusação.

Ocorre que esta forma de arquivamento não tem previsão legal, sendo indesejado em nosso ordenamento, uma vez que chancelaria a desidia do parquet nas funções a ele impostas, não lhe cabendo escolher quando promover ação penal, sendo, portanto seu dever quando entender pelo descabimento da ação penal, requerer fundamentadamente ao magistrado o arquivamento.

Segundo os ensinamentos de Luiz Flávio Gomes esse arquivamento se dá nos casos de concurso de pessoa, quando o Ministério Público denuncia apenas um dos agentes e não se manifesta sobre os outros.

Ao omitir-se sobre um ou alguns, há quem defenda que houve um pedido implícito de arquivamento, ou seja, que ao não denunciar há o pedido implícito de arquivamento.

Assim, uma vez que não é aceita essa forma de arquivamento no Brasil, havendo omissão na denúncia, o juiz deve abrir prazo ao Ministério Público para que se manifeste: oferecendo denúncia quanto ao omitido, ou requerendo o arquivamento fundamentado da ação quanto a ele.