O Subsistema de Atenção à Saúde Indígena é parte do SUS e, assim como este, deverá ser descentralizado, hierarquizado e regionalizado.

O Sistema Nacional de Saúde implantado no regime militar caracterizou-se pela hegemonia de uma burocracia técnica que valorizava a expansão do número de leitos, o fortalecimento da cobertura plena dos atendimentos ambulatoriais, a vacinação de toda população e o incentivo à pesquisa para melhoria da saúde pública.

As reformas previdenciárias que ocorreram no Brasil contribuíram para fortalecer a lógica privatista do SUS, seja por meio da política regulatória, seja por alocação programática na atenção primária.

No governo de Itamar Franco, as taxas de habilitação municipal ao SUS foram menores nos estados em que as políticas pró-descentralização foram implantadas.

O Programa Nacional de Estratégia de Saúde da Família, proclamado no âmbito do Pacto pela Saúde, validou as diretrizes constitucionais de prevenção à saúde e criou especificações inovadoras, já que a experiência acumulada anteriormente não subsidiou a regulação e validação das estratégias pelos fóruns decisórios do SUS.