O órgão consultivo e deliberativo do SISNAMA é o Conselho Nacional do Meio Ambiente (CONAMA), com a finalidade de assessorar, estudar e propor ao Conselho de Governo, diretrizes de políticas governamentais para o meio ambiente e os recursos naturais e deliberar, no âmbito de sua competência, sobre normas e padrões compatíveis com o meio ambiente ecologicamente equilibrado e essencial à sadia qualidade de vida. 

Os órgãos locais são o Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (IBAMA) e o Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (Instituto Chico Mendes), com a finalidade de executam e fazem executar a política e as diretrizes governamentais fixadas para o meio ambiente, de acordo com as respectivas competências. 

A Secretaria do Meio Ambiente da Presidência da República, como órgão central, tem a finalidade de planejar, coordenar, supervisionar e controlar, em âmbito federal, a política nacional e as diretrizes governamentais fixadas para o meio ambiente.

O órgão superior do SISNAMA é o Conselho de Governo, com a função de assessorar o Presidente da República na formulação da política nacional e na definição das diretrizes governamentais para o meio ambiente.

Os órgãos seccionais são os órgãos ou entidades estaduais responsáveis pela execução de programas, projetos e pelo controle e fiscalização de atividades capazes de provocar a degradação ambiental.