O período de incubação (tempo entre a infecção pela picada do mosquito e o aparecimento de quadro clínico) médio varia entre 10 e 15 dias, podendo ser de até 16 a 20 dias.

Existe transmissão direta da febre amarela pois o vírus pode ser encontrado em sangue e secreções contaminadas com sangue, e por haver o relato de isolamento do vírus vacinal em pessoas com sintomas respiratórios oito dias após a vacinação.

Após dez dias de doença, para pacientes sem febre nas últimas 24 horas, com aspectos clínicos melhorados e exames laboratoriais com índices decrescentes das transaminases e estabilização das plaquetas o paciente pode ter alta.

O período de transmissibilidade vai de 24 a 48 horas antes até 8 a 16 dias após o início dos sintomas. O mosquito infectado transmite o vírus por seis a oito semanas.