As contas do PARANACIDADE serão julgadas pelo Tribunal de Contas do Estado. 

Sem prejuízo da atividade normal do controle externo, o PARANACIDADE, encaminhará anualmente ao Tribunal de Contas do Estado, até 30 de abril de cada ano, a prestação de contas dos recursos públicos aplicados.

A prestação de contas abrangerá relatório sobre a execução das atividades previstas no Contrato de Gestão, baseadas nos planos anuais de ação estratégica, nos planos de trabalho e de metas, no relatório da Comissão Especial de Avaliação, se houver, nas demonstrações contábeis e financeiras e no balanço social da entidade, observando as leis, contratos e regulamentos específicos da entidade. 

Anualmente e a qualquer tempo por deliberação do Conselho de Administração ou determinação do Superintendente, bem como por parte do Presidente da Assembleia Legislativa serão processadas auditorias internas e externas nas operações da entidade.