Compõem a totalidade das instâncias colegiadas do Sistema Municipal de Saúde: a Conferência Municipal de Saúde e os Conselhos Regionais de Saúde.  

Ao Conselho Municipal de Saúde, órgão colegiado permanente, de caráter executivo, compete, em conjunto com os Conselhos Regionais e Locais de Saúde, implementar as ações de saúde nas redes regionais de saúde.  

A Conferência Municipal de Saúde é um órgão colegiado, de caráter deliberativo, constituído na forma da lei com a representação dos vários segmentos, que avalia a situação da saúde pública e propõe as diretrizes da política nos níveis correspondentes.

As instituições privadas e filantrópicas que participarem do SUS no âmbito do município, de forma complementar, ficam isentas de cumprir as normativas de participação/controle social. 

Os Conselhos Locais de Saúde deverão ser criados por todos os serviços do SUS, exceto pelas entidades privadas e filantrópicas que participarem do SUS em caráter complementar.