Os resíduos infectantes devem receber tratamento especial. Na sala de vacinação os únicos exemplos de resíduos infectantes são agulhas e restos de materiais usados na antissepsia da pele, como algodões e gazes. Há uma forma única para tratamento de resíduos infectantes: colocar em caixas tipo papelão comum.

Na sala de vacinas são exemplos de resíduos: restos de vacinas, vacinas vencidas ou inutilizadas, agulhas, ampolas e vidros quebrados ou que se quebram facilmente .A melhor solução deverá ser o resultado da combinação entre variáveis locais, tais como: infraestrutura já existente, disponibilidade de recursos, condições geográficas e quantidade e distribuição dos serviços de saúde. Os métodos comumente mais recomendados para tratamento adequado de resíduos infectados são: a incineração e a esterilização a vapor.

Os resíduos infectantes deverão permanecer em qualquer área externa a sala de vacina. Esses deverão ser acumulados em caixas, até que seja feita a coleta. Ressaltando que os resíduos infectantes da sala de vacina são as agulhas, além de material como gazes e algodão utilizados na antissepsia da pele do usuário. 

As agulhas descartáveis, após o uso, devem ser entortadas ou reinseridas nos protetores.As agulhas também devem ser descartadas em local apropriado, em recipientes resistentes e de paredes duras (por exemplo: latas vazias de mantimentos). 

Em grandes municípios, os sistemas de tratamento de resíduos infectantes da sala de vacina tendem a ser descentralizados, tudo para favorecer que os resíduos sejam facilmente descartáveis e localizados fora da sala de vacinação, pois a única área que não poderá conter material contaminado e infectado é a sala de vacina.